По второму диску: он просто старенький и поэтому 512 на 512, ничего не поделаешь, два остальных поновее, там расширенный формат, или 512E (4КБ на 512байт.)
Мне кажется, всё сделал ты правильно (сильного снижения производительности дисковой подсистемы не заметил? также проги быстро стартуют?), если стоит Windows 7 SP1 и выше, при этом дал системный диск разбить самому установщику винды.
Поправьте меня если я где-то не прав.
У двух дисков сейчас проверил, тоже 4КБ/512байт. В общем - это железо, его уже не изменить.
Я лично вот что читал:
http://support.microsoft.com/ru-ru/kb/2510009
