Qubes реализует подход «безопасность в изоляции». Предполагается, что не может быть идеальной, безошибочной среды рабочего стола. Такая среда насчитывает миллионы строк кода, миллиарды программных/аппаратных взаимодействий. Одна критическая ошибка может привести к тому, что вредоносное программное обеспечение возьмёт контроль над машиной.
Чтобы защитить настольный компьютер, пользователь Qubes должен позаботиться о разграничении различных сред, чтобы когда один из компонентов был скомпрометирован, вредоносное ПО получило бы доступ только к данным внутри зараженной среды.
В Qubes изоляция обеспечивается в двух измерениях: аппаратные контроллеры могут быть выделены в функциональные домены (например, сетевые домены, домены контроллера USB), тогда как цифровая жизнь пользователя определяется в доменах с разным уровнем доверия. Например: рабочая область (наиболее доверенная), домен покупок, случайный домен (менее доверенный). Каждый из этих доменов запускается на отдельной виртуальной машине.
Qubes не является многопользовательской системой.
