Новая система ведения боя CQC разработана ведущим военным консультантом серии Metal Gear Solid — Мотосади Мори (Motosadi Mori).
В бою Снэйк может одновременно использовать нож и пистолет. Боевой арсенал весьма обширен — от кинжала до AK-47; есть любимая многими игроками M-16 и даже снайперская винтовка Драгунова.
На экране постоянно отображается Camouflage Index, который зависит от трех факторов — положения фигуры, расцветки костюма и краски на лице. Камуфляж помогает слиться с окружающей средой. Чем выше его индекс, тем больше шансов у Снэйка остаться незамеченным, даже если патруль проходит в нескольких шагах от него. Игроку предстоит разобраться в тонкостях экипировки и научиться подбирать костюмы и цветовые гаммы, подходящие для маскировки в опавших листьях, высокой траве, на фоне деревьев и в темноте джунглей. Индекс также зависит от того, движется Снэйк или же стоит без движения.
Для большей реалистичности (что особенно важно в ходе рукопашных боев) при создании игры использовались системы захвата и оцифровки действий реальных людей (Motion Capture). Все удары, движения, поведение героя и его противников выполнены настолько натурально, что происходящее на экране вполне может конкурировать с высокобюджетным голливудским боевиком.
В европейскую (PAL) версию Metal Gear Solid 3 добавлен специальный режим Duel Mode, которого нет в японской и американской версиях. В этом режиме можно будет отдельно сражаться с «боссами», которые встречаются в игре.
